Решая вопрос о присоединении Украины и возвращении земель, захваченных в Смутное время Речью Посполитой, Русское государство затронуло интересы ведущих держав Центральной и Восточной Европы. Резкое изменение баланса сил после поражений польско-литовской армии 1654–1655 гг. заставило их активизировать внешнеполитическую деятельность, привело к созданию новых коалиций и послужило причиной новых военных конфликтов. Россия оказалась вовлечена в эти коалиционные войны, находясь в заведомо проигрышной внешнеполитической ситуации: в это время она еще не имела надежной и компетентной агентуры в европейских странах, с опозданием получала жизненно важную информацию дипломатического и военного характера. Такая ситуация находилась в остром противоречии с военной мощью страны и ее возросшим военно-политическим влиянием.

Первой польским кризисом воспользовалась Швеция, король которой Карл X Густав заявил свои претензии на польский трон и начал войну с целью захвата Речи Посполитой летом 1655 г. Сенаторы и шляхта не сумели оказать достойного сопротивления, и шведская армия в короткий срок заняла территории Польши и Литвы, еще свободные от царской власти (т. н. «Польский потоп» или «Кровавый потоп»). Опасность объединения Речи Посполитой и Швеции под единой властью вызвало противодействие Австрии и Дании, которых решила поддержать Россия. Царь Алексей Михайлович начал войну скорее как новый великий князь Литовский, направив удар на бывшие земли Речи Посполитой в Прибалтике (Рижский государев поход 1656 г.). В то же время патриарх Никон видел основной смысл войны в защите православного населения на шведских территориях (походы в Ижорскую землю и Карелию в 1656–1657 гг.). После того как угроза захвата польского трона шведским королем миновала, русское правительство поспешило завершить войну на условиях сохранения занятых позиций (Валиесарское перемирие 1658 г.). Через два года, в начале 1661 г., поражения в войне с Польшей заставили вернуться к довоенным границам и вернуть завоеванные шведские территории (Кардисский «вечный» мир 1661 г.).

Окончание русско-польской войны 1654–1667 гг. на условиях разделения Украины между обоими государствами по Днепру не могло устроить украинское казачество. Один из популярных казацких предводителей Петр Дорошенко начал борьбу за объединение всей Гетманщины в союзе с Османской империей и Крымским ханством (1666). В начале 1668 г. под его влиянием царский гетман Украины И. М. Брюховецкий поднял мятеж против России, истребив русские гарнизоны в нескольких городах. Царь немедленно отправил войска на подавление мятежа. Летом 1668 г. П. Дорошенко при поддержке татар и казаков добился смещения Брюховецкого и объявил себя гетманом обеих сторон Днепра. Тем не менее его войскам не удалось закрепить успех на левобережной Украине, и наказной гетман Северской земли Д. И. Многогрешный в начале 1669 г. снова присягнул царю и допустил русские гарнизоны в основные крепости Левобережья.

Важным условием замирения России с Польшей было согласие с условиями Андрусовского мира 1667 г. со стороны Османской империи и Крымского ханства. Ввиду этого царское правительство запретило донским казакам морские походы на побережье Черного и Азовского морей и не препятствовало постройке турками укреплений в устье Дона (башни Каланчи). Это вызвало недовольство массы беднейшего казачества («голутвенного»), лишенного своего обычного «промысла». Возглавил эту массу атаман Степан Разин, который после неудачного приступа к Каланчам перенес свой стан на р. Яик, захватив Яицкий городок (1668). В 1668–1669 гг. разинские казаки осуществили грандиозный «поход за зипуном» – грабительское нападение на персидские города побережья Каспийского моря. Это еще больше подняло авторитет Разина. В 1670 г. казаки Разина начали открытое выступление против властей, объявив о походе к Москве для казни «лихих бояр». Захватив Царицын и Астрахань, Разин двинулся вверх по Волге и был остановлен под Симбирском. В то же время станицы его помощников подняли восстание служилого населения, крестьян и «ясачных» народов (мордва и черемиса) на обширной территории Мещерского края и Среднего Поволжья. Правительству пришлось мобилизовать крупную армию, в том числе лучшие солдатские и стрелецкие части. Решительное поражение войску С. Разина нанес воевода кн. Ю. Н. Барятинский в битве под Симбирском в начале октября 1670 г. Однако ожесточенные бои с разинцами и карательные рейды царских войск продолжались по всей территории восстания до конца 1670 г., а в Тамбовском уезде – до февраля 1671 г. Сам С. Разин с другими руководителями движения был захвачен верными царю донскими казаками в апреле 1671 г. и казнен в Москве. Последний очаг восстания – Астрахань – сдался царским войсками только в ноябре 1671 г.

Другой внутренний конфликт – Соловецкое восстание 1668–1676 гг. – был вызван религиозными разногласиями в русском обществе в связи с церковными реформами патриарха Никона. Власти Соловецкого монастыря отказались признавать решения Собора 1666 г. о реформе богослужебного обряда и подчиняться царским указам. Поначалу действия царского отряда свелись к формальной блокаде монастыря и разорению его имущества. В 1673 г. новое царское войско приступило к осаде, которая завершилась взятием крепости в начале 1676 г. Большая часть «соловецких сидельцев» была казнена.

В 1672 г. турецкие войска овладели польской крепостью Каменец-Подольский. Османская империя заявила претензии на Подолию и Украину. Земский собор принял решение о войне с Турцией, был объявлен чрезвычайный налог, а на Украину и на Дон вновь отправились русские войска. Борьба осложнялась неурегулированностью отношений с Речью Посполитой, которая продолжала претендовать на Киев и вела сепаратные переговоры с Турцией и Крымом. Ввиду этого русские и украинские войска избегали соединения и совместных действий с польской армией. В результате боевых действий 1673–1676 гг. казачество Правобережной Украины признало власть царя и гетмана И. Самойловича, а П. Дорошенко сложил гетманство и принял царское подданство. В то же время попытки русских войск и донских казаков закрепиться в устье Дона и на Азовском море окончились неудачей. После заключения мира между Османской империей и Речью Посполитой в Журавне (1676) главные силы турецкой армии были направлены на овладение Украиной. В результате двух Чигиринских походов (1677 и 1678) туркам удалось занять развалины гетманской столицы Чигирина. Однако их армия потерпела несколько серьезных поражений в полевых боях и понесла большие потери. Султан отказался от похода на Киев, к обороне которого были привлечены главные силы русской армии (1679 и 1680). На всем протяжении войны крымско-татарские войска атаковали укрепления Белгородской черты, особенно у новооскольского «пролома», а в начале 1680 г. хан произвел опустошительный набег на поселения служилых украинцев «за чертой». Правительство ответило на это учреждением новой засечной черты – Изюмской, которая был построена в течение 1680 г. силами ратных людей Белгородского разряда и заселена переселенцами с Украины. Это вынудило татар отказаться от новых набегов и ускорило заключение Бахчисарайского мира 1681 г. Основным результатом войны стало дипломатическое признание со стороны Османской империи и Крымского ханства присоединения Левобережной Украины и Киева к Русскому государству.