В 1866‒1867 годах в Средней Азии шла успешная для русских войск война с правителем Бухары эмиром Музаффаром. Назначенный в июле 1867 года новый губернатор Туркестанского края генерал-адъютант Константин Петрович Кауфман предложил Музаффару мир, но тот всячески затягивал переговоры, а затем и вовсе объявил России газават. В результате вновь открывшихся боевых действий войска Кауфмана нанесли бухарской армии ряд поражений и в мае 1868 года взяли крупный город Самарканд.

Кампания 1866 года генерала Романовского была сокрушительной. 8 мая он разбил бухарские войска при Ирджаре, 24-го овладел Ходжентом, 20 июля приступом взял Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным и жестоким штурмом покорил Джизак. В трех этих беспощадных штурмах русские войска, лишившись 500 человек, положили на месте 12000 азиатов. Под Ирджаром перебито 1000 бухарцев и взято 6 орудий. При штурме Ходжента перебито 3500. Наш урон — 137 человек. При Ура-Тюбе перебито 2000, взято 4 знамени, 32 орудия, наши потери — 227 человек. Наконец, в самом кровавом деле, при Джизаке, из 11000 бухарцев легло 6000, из 2000 русских убыло только 98. Взято 11 знамен и 43 орудия.

Потеряв Джизак, бухарцы бежали к своей столице — Самарканду и поспешили вступить в переговоры о мире. В безрезультатных переговорах прошел весь 1867 год. Бухарцы их намеренно затягивали, стремясь выиграть время и набрать новую армию, Россия же провела капитальную административную реформу. В этом, 1867 году Туркестанская область была преобразована в Туркестанское генерал-губернаторство, составившее в административном отношении две области Семиреченскую (город Верный) с военным губернатором генералом Колпаковским и Сыр-Дарьинскую (город Ташкент) с генералом Романовским. Образован Туркестанский военный округ, и войска на его территории — 7-й Оренбургский и 3-й Сибирский линейные батальоны — развернуты в 1-ю стрелковую дивизию и 12 линейных туркестанских батальонов. Первым туркестанским генерал-губернатором был назначен генерал фон Кауфман {14}, Черняев был отозван.

Человек ответственных решений и волевой военачальник, генерал фон Кауфман сразу оценил обстановку. Примирительная политика не удалась, злая воля Бухары стала очевидной — эту злую волю надлежало сломить. В конце апреля 1868 года Кауфман с отрядом в 4000 штыков и шашек при 10 орудиях двинулся от Ташкента к Самарканду, на подступах к которому эмир собрал до 60000 человек.

2 мая 1868 года пехота генерала Головачева по грудь в воде перешла Зеравшан на глазах неприятельских полчищ, ударила на них в штыки, овладела высотами Чапан-Ата и обратила бухарцев в бегство. Самарканд закрыл ворота бегущим и сдался русским. В бой пришлось идти сразу же по переходе реки. Солдаты набрали полные голенища воды, разуваться же и вытряхивать воду не было времени. Наши линейцы становились на руки, и товарищи трясли их за ноги. После этого сразу пошли в штыки на бухарцев. «Халатники» решили, что постигли секрет русской тактики, и месяц спустя при Зарабулаке, подойдя на ружейный выстрел, их первые ряды стали головой вниз, тогда как задние добросовестно стали трясти их за ноги. По совершении этого обряда в победе никто из них не сомневался.

Оставив здесь гарнизон, Кауфман двинулся дальше на юг с войсками Головачева и Романовского. 18 мая он опрокинул бухарцев при Катта-Кургане, а 2 июня доконал армию эмира в жесточайшем степном побоище на Зарабулакских высотах. Зарабулак — первая проба игольчатых винтовок Карле, жестокая бойня, в которой перебито до 10000 бухарцев, густые массы которых наш огонь косил, как траву. Наши потери всего 63 человека. Всего в этом деле против 2000 русских действовало 35000 войск эмира. Потрясенный эмир запросил аман. Бухара признала над собой протекторат России, уступила России Самарканд и все земли до Зарабулака.