Вид Нового Амстердама в год, когда он был завоеван англичанами и переименован в Нью-Йорк

Поскольку в этот период возможности влияния Якова на дела в Англии были все же ограничены, энергичный герцог активно занялся североамериканскими колониями Британии. В 1663 г. Карл II даровал ему права феодального сюзерена над обширной территорией, расположенной между реками Дэлавер и Коннектикут. Центром владений герцога Йорка в Северной Америке являлся Нью-Йорк (названный в его честь, как и город Олбани). Ключевыми направлениями колониальной политики герцога Йорка стали основание новых поселений, освоение природных богатств Новой Англии, ликвидация колониального самоуправления и усиление контроля центрального правительства, а также установление в колониях всеобщей веротерпимости. В частности, Яков выпустил декларацию, даровавшую населению колонии Нью-Йорка, основную массу которого составляли пуритане, полную свободу вероисповедания. С 1683 г. герцог Йорк стал управляющим компании Гудзонова залива. Кроме того, он возглавлял две компании, действующие на «Черном континенте»: Королевскую Африканскую кампанию и компанию по работорговле. По всей видимости, герцог Йорк немало способствовал развитию торговли черными рабами между Африкой, Вест-Индией и колониями в Северной Америке.