На первом этапе (1570-е-1630-е гг.) Аптекарский приказ выполнял роль придворной аптеки и лечебного штаба. Его основной задачей было приглашение врачей к царю, его семье и приближённым, а также организация снабжения войск средствами лечения раненых. 

С последней задачей Аптекарский приказ до середины XVII века справлялся с трудом. Только расширение функций и полномочий Аптекарского приказа при царе Алексее Михайловиче постепенно превратили А.п. в центр государственного медицинского дела. Первоначально у Аптекарского приказа не было собственного штата. Он подчинялся думному боярину, который управлял деятельностью нескольких иноземных врачей и аптекарей двух московских аптек при помощи подьячих других приказов. Впоследствии (в 1580-е гг.) в Аптекарском приказе появляются собственные штатные подьячие, но их общее количество (при одном-двух дьяках) было, как правило, самым минимальным среди всех приказных аппаратов.

 На втором этапе Аптекарскому приказу (1630-1680-е гг.) придаются новые функции и полномочия. Он становится административным центром «береженья от заразы» (проведения централизованных эпидемиологических мероприятий).

 В ведение Аптекарского приказа поступает заключение договоров с иноземными врачами, выполнение их пожеланий по изготовлению лекарств, а также организация аптечных огородов, систематизация травников и лечебных книг. Важной частью текущего делопроизводства Аптекарского приказа было ведение медицинских книг и реестров. 

Численность аппарата Аптекарского приказа в период с 1631 по 1681 год увеличивается с двенадцати до восьмидесяти человек. Если в 1631 г. в составе Аптекарского приказа числилось всего 12 человек (8 докторов и лекарей, два переводчика, аптекарь, подьячий), то в 1681 г. штат приказа уже составлял около 80 человек.

 К 1630-м годам в штате Аптекарского приказа формируются (и затем постоянно расширяются) своеобразные профессиональные сообщества: аптекари, травники, окулисты, костоправы, специалисты по кровопусканию и т.п. официально причисляются к служащим Аптекарского приказа наряду с дьяками и подьячими, а также переводчиками, прикомандированными из Посольского приказа для перевода иностранных медицинских трактатов.

 Прикомандированными к Аптекарскому приказу считались также все врачи-иностранцы, количество которых постоянно увеличивается и достигает максимума ко времени преобразования Аптекарского приказа в коллегию. Они приносили письменному присягу царю, причём их зачисление на государеву службу происходили после особого собеседования-экзамена, условием допуска к которым являлись привезённые иностранными врачами дипломы и рекомендательные письма. 

В штате Аптекарского приказа состояли травники (помясы), составлявшие списки лекарственных растений, которые должны были выращиваться в аптекарских огородах или, по наказам Аптекарского приказа, доставляться в Москву из тех мест, где они выращивались. 

Через Аптекарский приказ царские врачи и прочие врачи и лекари (лекари-врачи без дипломов, но с рекомендательными письмами) получали жалование, которое было изначально щедрым, а с течением лет только увеличивалось. Если при Борисе Годунове царские врачи получали по 200 рублей в год, то при Михаиле Федоровиче – до 800 рублей в год и даже более.

 В Москве сохранилось одно из древних зданий Аптекарского приказа -вошедшие в состав усадьбы Талызиных палаты Аптекарского приказа (вторая половина XVII в.)  Ныне там размещены выставочные залы Музея архитектуры имени А.В. Щусева.