2 (14) сентября русская армия оставила Москву, командовавший арьергардом генерал Милорадович заключил с командиром французского авангард маршалом Мюратом перемирие до 3 сентября с тем, чтобы русская армия смогла спокойно отступить за пределы города. 4-й корпус Богарне стоял перед Тверской и Пресненской заставами, 5-й корпус Понятовского перед Калужской, а основные силы (Гвардия, 1-й и 3-й корпуса, резервная кавалерия) на Можайской дороге у Дорогомиловской. Около 16 часов 2 (14) сентября передовые отряды армии Наполеона (два корпуса кавалерии и две дивизии пехоты) вступили в оставленную жителями Москву. Комендантом Кремля был назначен генерал Дюронель, а военным губернатором Москвы – маршал Мортье. На следующий день 3 (15) сентября Наполеон въехал в город и остановился в Кремле. В тот же день Москву заняли и основные силы Великой армии. Уже при вступлении первых колонн в разных частях города начались пожары, достигшие своего апогея в ночь на 4 (16) сентября из-за сильного ветра. Некоторые здания, где расположились воинские части и высшие офицеры Великой армии, удалось спасти от огня, но в основном деревянный город сильно пострадал, сгорело больше двух третей зданий. Сегодня нет еще согласия среди историков по вопросу о том, что было причиной пожара Москвы – действительно ли город подожгли жители по своей инициативе, было ли это сделано по распоряжению генерал-губернатора Ростопчина или от неосторожности французских солдат. С наступлением ночи также начались грабежи – солдаты брали все под предлогом спасения ценных вещей от огня, а на следующий день переехавший из Кремля в Петровский замок Наполеон своим приказом разрешил солдатам спасать ценности из горящих зданий, фактически узаконив разграбление города. После того, как огонь стих, Наполеон снова вернулся в Кремль. Там он предпринял несколько попыток заключить мир с Александром, но все они были безуспешны. В конце концов он решил покинуть Москву, поскольку стратегическая ситуация ухудшалась для французов с каждым днем. Уже 5 октября началась эвакуация раненых, на следующий день было приказано останавливать все подкрепления, шедшие к Москве, 9 октября город покинули первые обозы, 13 октября началась подготовка войск к выступлению, а 18 октября армия покинула Москву, оставив только небольшой гарнизон. Окончательно французы оставили Москву в ночь на 23 октября. Москва была для французской армии притягательным центром, где она рассчитывала найти отдых и мир. Однако московский пожар уничтожил большую часть города, спровоцировал грабежи, которые в свою очередь стали причиной падения дисциплины. Именно это падение дисциплины и все увеличивавшееся с каждым днем после оставления Москвы количество дезертиров стали основными причинами падения боеспособности Великой армии и в конечном итоге проигрыша кампании 1812 года.
