Министерство А. Я. Щелкалова охватывает последний период царствования Ивана IV Васильевича Грозного и бóльшую часть царствования Федора Ивановича. Таким образом оно распадается на два периода. Первый приходится на завершающий этап Ливонской войны. Щелкалов возглавил посольский приказ в тяжелых для России международных условиях. На рубеже 1560-70-х гг. обострилась ситуация на южных рубежах. Нависла реальная угроза образования антимосковской коалиции. Кульминацией стал разрушительный набег крымских татар на Москву в 1571 г. Боевые действия против крымского хана Девлет-Гирея I были завершены лишь осенью 1572 г. Во многом благодаря дипломатическим способностям А.Я. Щелкалова ситуацию удалось выправить к началу 1573 г. После этого Россия смогла возобновить боевые действия в Прибалтике.
На протяжении 1572 – 1576 гг. велись переговоры об избрании Ивана IV Васильевича Грозного или его сына царевича Федора на польский престол. Переговоры не имели успеха. В 1576 г. польским королем был избран Стефан Баторий . Это значительно осложнило русско-польские отношения. Россия оказалась перед перспективой одновременной войны с Польшей и Швецией. В этих условиях русская дипломатия пыталась играть на противоречиях между этими странами. В июле 1575 г. было подписано Сестрорецкое перемирие со Швецией на два года. Однако переговоры о мире так и не начались, что привело к возобновлению боевых действий в январе 1577 г. Через год было заключено перемирие с Польшей на три года. Однако уже в следующем году Стефан Баторий склонил ливонского короля Магнуса к измене и возобновил боевые действия. После ряда серьезных поражений в Ливонской войне Россия вынуждена пойти на заключение Ям-Запольского перемирия (1583) с Польшей. Летом того же года начались переговоры о мире со Швецией. Поражение в Ливонии заставили Ивана IV Васильевича Грозного искать союза с Англией. В 1583 г. в Москву прибыл английский посол Дж. Баус с поручением вести переговоры о свободной торговли англичан в России и женитьбы Ивана IV Васильевича Грозного на племяннице английской королевы Марии Гастингс . Щелкалов был решительным противником такого союза. Он старался настроить царя против Бауса. Ситуация разрешилась смертью Ивана IV Васильевича Грозного.

Второй этап «министерства» Андрея Щелкалова приходится на правление царя Федора Ивановича. С этого момента в его руках полностью сосредоточивается вся внешняя политика. В отношении Польши Щелкалов проводил политику мира и стремился вернуть в Россию пленных, изгнанных и бежавших. Щелкалов понимал, что Ям-Запольский мирный договор не может быть прочным и длительным. Поэтому он стремилась поддерживать мир и со Швецией, чтобы избежать повторения одновременной войны с обеими странами. В августе 1585 г. был заключен русско-шведский мирный договор на четыре года. Однако заключению мира препятствовало нежелание шведов обсуждать территориальные вопросы и уступать России земли, захваченные в Ливонии. После смерти Стефана Батория (12 декабря 1586) это перемирие фактически не соблюдалось. В то же время с Польшей было заключено соглашение о продлении перемирия еще на 15 месяцев (27 апреля / 7 мая 1587). В июне того же года в Варшаву из Москвы было отправлено посольство с предложением избрать царя Федора Ивановича на польский престол. Предложение было отвергнуто из-за нежелания русской стороны заплатить полякам 200 тыс. руб. В августе 1587 г. было заключено перемирие на 15 лет, подтвержденное в 1590 г. после избрания Сигизмунда III на польский престол. К концу 1580-х г. ухудшились отношения Щелкалова и Годунова. С этого момента его дипломатическая карьера пошла на спад. постепенно привело к отставке. Однако формально он был уволен только в 1594 г.