Двойное «министерство» Иванова – Лопухина связано с частым о длительным отсутствием каждого из них в Москве. Начало «министерства» приходится на завершающий этап присоединения Украины к России. 1 октября 1653 г. Земский собор принял решение о присоединении Украины. В конце декабря на Украину прибыли московские послы во главе с боярином В.В. Бутурлиным . 8 января Переяславская рада приняла решение о вхождении Украины в состав России. В 1654 г. началась война с Польшей, и Лопухин отправился в поход вместе с царем Алексеем Михайловичем. В качестве главы посольского приказа он скреплял все царские грамоты. Его коллега Иванов в этом время руководил деятельностью посольского приказа в Москве. Принимал участие в переговорах с иностранцами.

В конце пятидесятых годов во внешней политике России произошли изменения. На первый план выдвинулся балтийский вопрос. Выход России к балтийскому побережью предполагал войну со Швецией. Это в свою очередь требовало примирения с Польшей. В 1667 г. было подписано Андрусовское перемирие. Главную роль здесь сыграл будущий глава внешней политики России А.Л. Ордин-Нащокин. В том же году оба главы – Посольского приказа Иванов и Лопухин – были отстранены от руководства.